经济高效的芯片,可用于与基础疾病相关的 SARS-CoV-2 (导致 COVID-19 的冠状病毒) 感染的快速流行病学调查
医疗服务机构和遗传学家面临的主要挑战是,了解 SARS-CoV-2(导致 COVID-19 的冠状病毒)如何与人类基因组相互作用以及如何对人群进行分层,以更好地了解影响疾病感染、严重程度及其结果的因素。
我们正在开发一种用于 SARS-CoV-2 的全新 Axiom 人类基因分型研究芯片,在此就其内容向您征求意见。
用于人类基因分型研究的 Axiom 基因分型芯片及其相关模块可用于 SARS-CoV-2 感染研究的几个方面:
- 全基因组关联研究( GWAS)标记: 一个大的 GWAS 分析模块(>800K个标记)可以支持跨群体的疾病关联研究以评估风险的严重性,包括慢性阻塞性肺病(COPD)、冠状动脉疾病和高血压等。
- 表达数量性状位点(eQTLs): 全球人群冠状病毒感染的遗传学基础信息有限,尤其是非亚裔白种人群(CEU)。ACE2 的表达和功能在 CEU 人群中可能有所不同。
- 药物发现和靶点的药物基因组学研究: 大的GWAS 分析模块提供了使用各种关联研究结果的能力,从而结合遗传学信息对大量成药性靶点进行评价。专门的包含药物基因组学内容的芯片能够检测与药物吸收、分布、代谢和排泄相关的大量基因,包括复杂的 CYP 基因。
- 药物 - 药物和药物 - 基因相互作用的药物基因组学研究: 药物基因组学研究对于各种药物的效力和剂量研究来说非常重要。药物基因组学研究相关内容有助于研究各种药物的效力和治疗效果,包括但不限于抗病毒药物和抗疟疾药物。
- 血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 受体: 病毒受体蛋白 ACE2 位于宿主细胞表面。其被认为是病毒进入人体的机制。用于ACE2 蛋白研究的芯片需要包含尽可能多的 X 染色体上的标记。ACE2 蛋白中有 9,000 多个标记。各种Axiom 设计都可以最大程度地覆盖这些变异。
- 细胞因子基因: 炎症细胞因子基因可能会影响流感等类似疾病中免疫病理过程的功能。对这些基因进行研究可能有助于了解免疫应答的启动机制,从而控制病毒复制和高细胞因子血症。
用于冠状病毒研究的 Axiom 芯片的相关内容汇总
Axiom 精准医学研究芯片 | Axiom 精准医学多样性研究芯片 | UK Biobank Axiom 芯片 | PharmacoScan 芯片 | Axiom myDesign 基因分型定制芯片 | |
用于人类
| 提供一个大的 GWAS 模块、eQTL/编码区和 PGx相关位点 | 提供一个包含药物基因组学分析的大的 GWAS 模块 | 英国生物样本库(UK Biobank)使用该芯片对 500,000 位参与者进行了基因分型 | 提供药物基因组学相关标记用于药物开发 | 定制芯片,重点关注与 COVID 相关的标记 |
目录化芯片的货号 | 951962 or 951961 for Axiom Plus | 903026 or 902908TS | |||
GWAS 模块 | >800,000 | >800,000 | > 600,000 | >50,000 | >800,000 |
表达数量性状位点(eQTLs) | >16,000 | >3,000 | >17,000 | - | >16,000 |
药物基因组学 | >1,950 | >5,000 | >2,400 | >4,000 | >4,000 |
ACE2 基因的标记 | 11 | 12 | 8 | - | >9,000 |
TMPRRS2的标记 | >120 | > 150 | > 130 | - | > 150 |
细胞因子基因上的标记 | > 650 | > 550 | > 600 | - | > 600 |
X 染色体上的标记 | >35,000 | >60,000 | > 20,000 | >650 | > 60,000 |
HLA | > 10,400 | > 14,000 | > 8,200 | 4 | > 14,000 |
| 每块芯片板包含 96 张芯片以及相关的 Axiom 试剂和 GeneTitan MC 耗材 | 每块芯片板包含 24 张或 96 张芯片。试剂盒中还包含相关试剂和 GeneTitan MC 耗材。 | 每块芯片板包含 24 张或 96 张芯片。试剂盒中还包含 相关试剂和 GeneTitan MC 耗材。 | 每块芯片板包含 24 张或 96 张芯片。试剂盒中还包含相关试剂和 GeneTitan MC 耗材。 | 起订量为 10 块芯片板,用于检测 960 个样本,并包含有相关试剂和 GeneTitan MC 耗材。 |
仅供科研使用,不可用于诊断目的。