磁珠上的重組protein A和/或protein G因不含白蛋白(albumin)的結合位點,所以避免因共同純化而造成的污染。抗體與磁珠在溶液中結合是一種平衡反應。為了盡量獲取較多抗體,應保持少量反應體積以維持高濃度的磁珠和抗體。無須預處理樣品(即使是黏稠樣品),因此不需對樣品或磁珠進行稀釋。如果擔心樣品中抗體濃度非常低,可以增加磁珠的使用量。
使用Thermo Scientific Pierce Crosslink Magnetic IP/Co-IP試劑盒,是從磁珠上洗脫抗體的另一選擇。
為了防止發生共洗脫,可以在免疫沉澱之前將抗體與磁珠上的protein A/G交叉聯結。
這一步驟對於若要在SDS-PAGE後續進行自動放射顯影術或Western Bloggint是非必要的,而對於銀染或考馬斯亮藍染色(coomassie dye)時則為選擇性步驟。