圖8. 高品質的Sanger定序結果。使用Applied Biosystems 3130 xl基因分析儀,對由Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶擴增的1.6 kb PCR片段進行了Sanger定序。圖顯示為KB basecaller內建定序分析軟體的所提供之報告數據。有效範圍讀取長度(Clear-range read length,CRL)的定義為給定質量值(Quality Value,QV)下最長的不間斷鹼基片段。QV20相當於1%的基本識別錯誤概率,QV30相當於0.1%的基本識別錯誤概率。QV>20被視為高品質結果,並且在大多數情況下是可接受的。
產品亮點
- 通用的引子黏合溫度(60°C)—簡化了引子黏合的優化步驟;透過在共循環中進行不同PCR擴增反應,有助於省去重複多次的PCR運行。
- DNA合成速度提高4倍,更高的抑制劑耐受性—採用極其穩定的工程改造Taq聚合酶。
- Platinum熱啟動技術—增強了PCR的特異性、靈敏度及產量;並允許於室溫條件下進行反應設置。
- 綠色緩衝液規格—透過PCR產物可直接於凝膠上樣,有助於減少移液錯誤。
專為更好的PCR擴增而設計
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Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶的優勢
使用常規PCR試劑進行PCR檢測時,由於不同的引子黏合溫度和延伸步驟的持續時間不一致,需要針對每個DNA片段設計特定的PCR擴增方案。因此,不同的PCR檢測不能同時在一次PCR運行中進行擴增。透過Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶,可以使用同一個實驗方案和通用的引子黏合溫度,且依據擴增的最長片段來決定延伸步驟,因而可實現同時進行不同的PCR反應。此外,Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶是一種"快速"的DNA聚合酶;因此,這種次世代DNA聚合酶結合通用擴增方案後,透過快速擴增循環,實現短短30分鐘以內完成所有的PCR反應。
圖1. 可同時進行PCR擴增,有效的節省時間。使用常規PCR試劑進行PCR擴增時,由於不同引子的黏合溫度和延伸步驟不一致,所以需要針對每個DNA片段設計特定的擴增方案。因此,使用常規PCR試劑時,往往無法在同一次PCR運行中同時擴增多個目標片段。使用Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶,其具有通用的引子黏合溫度,可針對最長片段選擇擴增步驟時間,以實現在一個方案中同時進行不同的PCR擴增。此外,Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶是一種快速DNA聚合酶,僅需30分鐘便可獲得PCR結果。
圖2. Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶可實現短片段和長片段的同時擴增。使用Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶或其他熱啟動DNA聚合酶,在50 μL反應中從50 ng人類基因組DNA擴增132 bp、251 bp、1,005 bp和3.9 kb片段:(A) NEB OneTaq Hot Start DNA聚合酶,(B) Qiagen快速循環PCR試劑盒,(C) Roche FastStart Taq DNA聚合酶。所有四個目標物片段均使用相同的PCR方案,黏合溫度和延伸條件設置如圖中所示。所使用的標準參照物為Thermo Scientific ZipRuler Express DNA Ladder 2。
Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶是一種經工程改造的酶,可提高DNA的合成速率。因此,使用Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶與其他熱啟動Taq DNA聚合酶相比,獲得PCR結果的速度通常會加快兩倍以上。
圖3. 快速循環可縮短PCR的運行時間。分別使用Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶和其他供應商的熱啟動DNA聚合酶,在50 μL反應中,對50 ng人類基因組DNA的529 bp片段進行35個循環擴增:(A) Sigma-Aldrich KAPA2G Fast HotStart PCR試劑盒、(B) NEB OneTaq熱啟動DNA聚合酶、(C) Promega GoTaq G2 DNA聚合酶、(D) Toyobo Quick Taq HS DyeMix、(E) Roche FastStart Taq DNA聚合酶,和 (F) Sigma-Aldrich JumpStart Taq DNA聚合酶。每種聚合酶的擴增時間以紫色顯示,而ProFlex PCR系統的漸變時間(模塊升溫速率為6°C/秒)以紅色顯示。在1% TAE瓊脂糖凝膠中分析PCR產物,結果顯示如圖下方。所使用的標準參照物為ZipRuler Express DNA Ladder 2。
Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶所具備的高靈敏度,可確保在起始材料數量有限或樣品中目標DNA濃度較低的實驗中,成功擴增出特定的PCR產物。
圖4. 從少量起始DNA中,實現高靈敏度和可靠的擴增。使用Platinum II Taq Hot-Start DNA聚合酶或其他供應商DNA聚合酶(A—KAPA2G Fast HotStart,B—NEB OneTaq Hot Start,C—Promega GoTaq G2,D—Sigma JumpStart Taq,和E—Takara Taq HS Perfect Mix),在50 μL PCR反應中,分別從0 ng(無模板對照)、0.016 ng、0.08 ng、0.4 ng、2 ng、10 ng、50 ng、250 ng人類基因組DNA中擴增529 bp片段。預估的複製數,每0.016 ng人類基因組DNA約為5個拷貝。使用分子量標準參照物為ZipRuler Express DNA Ladder 2。
Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶經過分子改造設計,對抑制劑具有耐受性,可幫助純度不理想的樣品實現成功的擴增。
圖5. 對抑制劑的耐受性。使用Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶或其他供應商DNA聚合酶(A—KAPA 2G Robust HotStart,B—NEB OneTaq Hot Start,C—Promega GoTaq G2,和D—Takara Taq Hot Start Version),從人類基因組DNA中擴增1 kb片段。反應混合物包含:1—腐植酸(最終濃度為1.3 µg/mL),2—氯化血紅素(最終濃度為6 µM),3—木聚醣(最終濃度為0.26 mg/mL),或4—無抑制劑對照組。使用的分子量標準參照物為ZipRuler Express DNA Ladder 2。
圖6. 對從FFPE組織樣品中提取的DNA,進行PCR擴增。使用Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶,從小鼠FFPE組織樣品中提取不同總量的DNA中擴增527 bp片段。使用適用於FFPE的RecoverAll總核酸分離試劑盒RecoverAll總核酸分離試劑盒,進行DNA的提取。NTC:無模板對照組。PC:陽性對照組,取自1 ng純化的小鼠基因組DNA。使用的分子量標準參照物為ZipRuler Express DNA Ladder 2。
Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶和2X預混液的配方,可實現對於各式多樣目標物的擴增,涵蓋了從富含AT到富含GC的標的。產品隨附提供一管單獨的Platinum GC Enhancer,可對於高GC含量的目標物進行特異性擴增並提高產量。
圖7. 針對富含AT和GC目標物的穩健擴增。在50 µL PCR反應系統中,從100 ng人類基因組DNA擴增出GC含量逐漸增加的各種DNA片段(GC含量標註於相對應的條帶上方)。Platinum GC Enhancer適用於GC含量大於65%的目標物。所使用的分子量標準參照物為ZipRuler Express DNA Ladder 2。
由Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶生成的PCR片段非常適用於Sanger定序。由於該酶的卓越性能、通用型引子黏合溫度和快速合成特性,可以輕鬆簡單地生成適用於Sanger定序的PCR擴增子。
什麼是熱啟動PCR?
了解PCR擴增中的常見問題,以及如何透過熱啟動PCR解決這些問題。您還將了解不同類型的熱啟動酶修飾,以及如何選擇適合您PCR的熱啟動DNA聚合酶。
Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶和Platinum Taq DNA聚合酶有何不同?
Platinum Taq DNA聚合酶二十多年來一直深受研究人員的信賴,並已被數千篇期刊論文所引用。次世代熱啟動DNA聚合酶—Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶經過全新改造,具有擴增快速、穩健的性能。我們向啟動新項目的研究人員推薦此款Platinum II Taq DNA聚合酶,以便感受卓越的性能並從中獲益,其相關優勢總結如下表。
Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶和Platinum Taq DNA聚合酶的技術參數比較
Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶 | Platinum Taq DNA聚合酶 | |
---|---|---|
通用型黏合擴增方案 | 是 | 否 |
擴增速度 | 15秒/kb | 1分鐘/kb |
靈活的擴展步驟* | 是 | 否 |
對於抑制劑的耐受性 | 是 | 否 |
目標物片段長度 | 長達5 kb | 長達5 kb |
熱啟動修飾 | 抗體調控 | 抗體調控 |
保真度vs. Taq DNA聚合酶 | 1x | 1x |
擴增子突出端類型 | 3’A | 3’A |
PCR反應設置的穩定性 | 24小時 | 24小時 |
是否可擴增富含GC的模板 | 是 | 是 |
經認證的人類和細菌DNA低殘留含量d | 是 (≤1 copy細菌gDNA/酶單位) | 否 |
預混液規格 | 無色/綠b | 無色/綠b |
Stand-alone enzyme formats | 無色c | 無色/綠b |
a延伸步驟可延長至60秒/kb,而不影響擴增的特異性。b選擇使用綠色緩衝液選項,PCR產物可直接進行凝膠上樣。c綠色緩衝液作為單獨產品提供,可與單酶搭配使用於直接凝膠上樣。d在Platinum II Taq熱啟動DNA聚合酶的生產過程中,我們採取了嚴格的措施控制並透過qPCR驗證,以確保每單位聚合酶中殘留的細菌基因組DNA不超過一個拷貝數。
參考文獻
(Micro)biota
Cancer research
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