如何使用链霉亲和素偶联 Dynabeads磁珠捕获特定的 RNA 和 DNA 序列

Invitrogen链霉亲和素偶联的Dynabeads 磁珠是一种强大的多功能工具，可用于捕获特定 RNA 或 DNA 序列，然后将其直接从溶液中提取出来。这些单一尺寸的超顺磁性 Dynabeads 为硝酸纤维素膜提供了高效的固相替代方法，可为您提供优异的产物质量和数据一致性。出色的近液相反应动力学，可实现超快速实验方案。磁性处理固有的简便性使得下游操作和缓冲液更换非常简单，只需要使用磁力架将磁珠结合靶标吸附浓缩到管壁上，然后丢弃上清液即可。这些磁珠可兼容非常广泛的样本类型，包括大多数体液、植物、动物和微生物来源的粗裂解物，以及纯化的总 RNA 或 DNA。由于这些 Dynabeads 磁珠仅与特定的靶标 RNA 或 DNA 分子相互作用，因此几乎不需要对总 RNA 或 DNA 进行上游纯化。进一步了解为什么链霉亲和素偶联 Dynabeads磁珠已被30,000多份研究文献引用。

序列特异性 DNA 捕获

直接捕获流程涉及到将双链 PCR 产物固定在磁珠上。这些产物很容易转化为单链磁珠结合模板，然后直接从溶液中捕获特定的 RNA 或 DNA 分子。

在某些情况下，另一种间接捕获方法可实现更快的反应动力学。这种间接捕获方法可以在靶标固定到磁珠之前捕获靶标序列。首先，将生物素化捕获序列（单链 DNA）与样本一起孵育，让其与溶液中的靶标 RNA 或 DNA 分子杂交。然后将链霉亲和素偶联的 Dynabeads 磁珠加入混合物中，杂交序列会通过链霉亲和素-生物素键固定到 Dynabeads 磁珠上。 

每毫克 1μm Dynabeads MyOne 链霉亲和素 C1磁珠 具有非常大的表面积，可高度富集低丰度的 RNA 或 DNA。如果需要从粘稠度较高的样本（如脑脊液）中捕获核酸时，建议使用粒径更大的 2.8 μm Dynabeads M-270 链霉亲和素磁珠。 这些 Dynabeads（MyOne 链霉亲和素 C1 和 M-270 链霉亲和素）磁珠经过优化设计，表面略带负电荷，可确保对非靶标核酸序列的非特异性结合微乎其微。

应用实例包括：RNA/DNA 致病因子分离 (1,2,3,4)、扣除杂交 (5,6,7)、cDNA 筛选和富集、突变序列检测和分离 (8,9,10)、细胞特异性转录本分离以及 mRNA 差异显示。

了解有关核酸捕获测定的更多信息

DNA 纯化是有针对性地去除样品中不需要的片段和杂质，比如NGS 接头、引物、引物二聚体、未掺入的 dNTP 和其他反应组分等。片段筛选则是在进行测序步骤前从准备好的 DNA 片段文库中选择所需大小范围的特定 DNA 片段。由于PCR纯化和片段筛选的不准确会极大地影响下游测序的效率和准确性，因此，可以说纯化和片段筛选是NGS文库制备工作流程中的关键步骤。

NGS文库制备工作流程

部分参考文献

  1. Meng Q. et al.(2001) Automated multiplex assay system for simultaneous detection of hepatitis B virus DNA, hepatitis C virus RNA and human immunodeficiency virus type 1 RNA.J.Clin.Microbiol.39(8):2937-2945.
  2. Stevens SJC. et al.(1999) Monitoring of Epstein-Barr virus DNA load in peripheral blood by quantitative competitive PCR.J.Clin.Microbiol.37:2852-2857.
  3. Mangiapan G. et al.(1996) Sequence capture-PCR improves detection of mycobacterial DNA in clinical specimens.J. Clin.Microbiol.34(5):1209-1215.
  4. Shuber AP. et.al.(2002) Accurate, noninvasive detection of Helicobacter pylori DNA from stool samples: potential usefulness for monitoring treatment.J. Clin.Microbiol.40(1):262-264.
  5. Hansen-Hagge TE. et.al.(2001) Identification of sample-specific sequences in mammalian cDNA and genomic DNA by the novel ligation-mediated subtraction (LIMES).Nucl.Acids Res.29(4):e20.
  6. Pradel N. et.al.(2002) Genomic subtraction to identify and characterize sequences of Shiga toxin-producing Escherichia coli O91:H21.Appl.Env.Microbiol.68(5):2316-2325.
  7. Laveder P. et.al.(2002) A two-step strategy for constructing specifically self-subtracted cDNA libraries.Nucleic Acids Res.30(9):e38.
  8. Lindblad-Toh K.et.al.(2000) Large-scale discovery and genotyping of single-nucleotide polymorphisms in the mouse.Nature Genetics.24:381-386.
  9. Miyashiro I. et.al.(2001) Molecular strategy for detecting metastatic cancers with use of multiple tumor-specific MAGE-A genes.Clin.Chem.47(3):505-512. 
  10. Dong SM. et.al.(2001) Detection of colorectal cancer in stool with the use of multiple genetic targets.J Natl.Cancer Inst.93(11):858-865.