蛋白质组学定量分析工作流程、方法和资源
助您先人一步获取洞察信息
蛋白质组学已经从定性技术发展为定性和定量的连续统一体，使用高灵敏度和高准确性的质谱法获取重要的生物学洞察信息，涵盖广泛的应用，包括生物学、生物化学、生物标志物发现和精准医学等等。
使用质谱法 (LC-MS) 的定量蛋白质组学分析可实现对基于发现的（非靶向）蛋白质组学应用和靶向蛋白质组学应用的蛋白质进行全系统鉴定和定量。与蛋白质免疫印迹法相比，现代定量蛋白质组学质谱分析使用的样本量更少，且不需要抗体，因此可于多种条件下在一次实验中检测和定量数千种蛋白质，并且可以在更深入地了解生物过程如何响应的水平上研究动力学对不同的刺激，或者它们如何随着时间的推移在细胞、组织或有机体中或在疾病状态下发生变化。
定量蛋白质组学综述：LC-MS 多通路检测的巨大优势
认识到定量蛋白质组学和多通路技术（如串联质量标签 [TMT] 质谱法）的巨大潜能，从而帮助了解蛋白质如何使细胞发挥功能、分子在细胞中移动的原因和方式以及实际应用。
基于 MS 的蛋白质组学如何解决和突破旧定量蛋白质组学方法的问题及局限性
蛋白质免疫印迹法是一种用于定量蛋白质测量的传统方法，但是需要了解系统及预期变化才能获得合适的靶抗体。抗体并非总是可用，且不具有特异性，或者较为昂贵，而且对于翻译后修饰而言，获得的难度可能会更高。此外，蛋白质免疫印迹法是一种样品密集型方法，其线性动态范围有限，通常在每次免疫印迹中仅定量单个靶标。
现代蛋白质定量组学分析方法（如液相色谱串联质谱法 [LC-MS]）可以测量蛋白质特异性翻译后修饰 (PTM) 的丰度变化，有助于定位修饰残留物。与蛋白质免疫印迹法相比，定量蛋白质组学质谱分析使用的样品量更少，无需抗体，并且可于多种条件下在单次实验中检测和定量多种蛋白质。
| 传统定量蛋白质组学方法 | 旧蛋白质组学方法的问题及局限性 | 基于 MS 的蛋白质组学的优势及潜能 |
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三重四极杆 LC-MS 和 Orbitrap LC-MS 技术推进定量蛋白质组学质谱分析发展
我们的质谱仪在上世纪 90 年代创建并定义了蛋白质组学的基准，对蛋白质组或生物系统中的蛋白质进行鉴定和分类。这仍是蛋白质组学的基础，但为了深入了解生物学，我们知道我们必须突破鉴定极限。借助灵敏度、动态范围和通量方面的持续进步，我们的仪器正在帮助研究人员捕获更多完整的图谱，从而实现包括蛋白质组学定量分析在内的新基准。我们理解科学界需要了解单个蛋白质、蛋白质复合体的功能及其在复杂生物系统中的位置，并轻松地将蛋白质丰度变化转化为有价值的发现。除了研发先进的仪器外，我们还致力于开发符合目的的试剂、软件和工作流程，以满足现代蛋白质组学的高要求。
推荐用于定量蛋白质组学的质谱仪
根据实验需求和仪器能力，选择较合适的定量蛋白组学质谱分析技术。我们提供用于定量蛋白质组学实验的多台质谱仪以及全套产品和资源，可帮助您顺利完成整个工作流程。无论您决定采用哪种技术，我们都可以随时为您提供帮助。如果您已决定通过哪种方式来处理工作，请与我们的技术专家联系以寻求帮助。
 Orbitrap Astral质谱仪 |  Orbitrap Eclipse Tribrid 质谱仪 |  Orbitrap Exploris 480 质谱仪 |  Orbitrap Exploris 240 质谱仪 | |
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| 基于实验类型、应用的理想用途 | 对特定、充分表征的蛋白质进行高通量靶向定量 | 从蛋白质组全谱分析和定量、结构表征到多通路单细胞蛋白质组学，帮助您获取错综复杂的分子和生物系统的深入洞察信息。借助新型创新技术在实验范围内提供极大的灵活性，助您更快速地获取有影响力的结果，从而进一步突破当前科研成果。 | 从非靶向蛋白质组谱到靶向蛋白质组学实验，凭借行业领先的单细胞灵敏度，以及出色的准确度、精确度和简便性，获取较深入的定量洞察信息。借助可提供更高可用性的精选工作流程，该质谱仪可以加快您开展大规模研究的速度，提供经过验证的高质量数据并节省时间，使您可以更快地获取切实可行的结果。 | 将您的能力从小规模研究扩展到大规模研究，涵盖蛋白质鉴定、定量及多通路蛋白质组学研究等各种应用。凭借经过优化的方法，它能够快速将样品转换为结果，且操作简单。整合出色的性能，且占用空间小，便于日常使用。 |
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蛋白质组学定量分析应用、工作流程及产品解决方案
使用质谱法的定量发现蛋白质组学旨在于宽泛的动态范围内鉴定和表征尽可能多的蛋白质，同时测量多个样本组中发生的相对蛋白质丰度变化。这也被称为非靶向蛋白质组学实验。
请单击下表中的链接，查看从样品制备、质谱分析到数据分析的整个工作流程，以及我们为每个步骤推荐的产品。
| 串联质谱标记 (TMT) 定量分析 | 细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记 (SILAC) | 非标记定量 (LFQ) | |
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| 使用 TMT 标记试剂、LC-MS 仪器和蛋白质组学数据软件进行高通量多通路蛋白质定量分析，实现对更多样品同时进行相对定量分析。 | 在体内标记蛋白质，用氨基酸的同位素重形式替代天然存在的轻形式，然后使用 HRAM Thermo Scientific Orbitrap MS 分析和多肽计算软件进行加速、精确鉴定和相对定量。 | 对任何来源的蛋白质样品进行相对定量，使用高性能 LC-MS 仪器单独进行测试和分析，然后使用 Thermo Scientific Proteome Discoverer 软件中的先进非标记定量节点进行大规模评估和解析。 | |
| 每次 LC-MS 的样品量 | 1-16 | 1-3 | 1 |
| 精密度 (%CV) | <5-10 | <10-15 | <10-20 |
| 准确度 | 非常好 | 优 | 优 |
| 优势 |
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| 缺点 |
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| 工作流程与产品 | 工作流程与产品 | 工作流程与产品 |
白皮书：对扩大病毒研究的迫切需要
质谱分析 (MS) 提供了通过研究完整的病毒颗粒及其表面和结合特性、其蛋白质组分以及感染时它们对宿主细胞的生物化学通路的影响来了解病毒行为的众多方法。
下载白皮书，了解所有基于 MS 的方法，从而帮助研究人员制定更好地解决病毒研究的策略。
网络讲座
发现蛋白质组学的定量方法：如何达到标准？
全方位了解定量发现蛋白质组学领域所使用的当前较先进的技术，并回顾较常见的工作流程和方法，其中包含一项比较研究，该研究采用了较新的质谱仪器和分析工具，以客观地评估不同定量方法的性能。本网络讲座将帮助参与者设定合理的期望并根据实验目标选择适当的工作流程。
使用质谱法进行定量靶向蛋白质组学研究是为了通过高精度和高灵敏度确定目标蛋白质的代表性肽段的相对或绝对丰度。该方法频繁应用于大型样本组，并且常用于通过分析早期发现实验的数据而选定的目标肽段，可在单个实验中分析数百个靶标。
| SureQuant 内标 (IS) 靶向定量 | 平行反应监测 (PRM) | 选择反应监测 (SRM) | 选择离子监测 (SIM) | |
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| 主要优点 | 灵敏度和效率 | 高选择性 | 极高的灵敏度 | 灵活性 |
| 基于 PRM 方法的靶蛋白绝对定量新范例，能够在一系列样品中可靠地检测和定量数百到数千个靶标，同时保持速度、灵敏度和整体性能。 | 借助我们新仪器中内置的 Orbitrap 质量分析器，该方法可以使用一种协调一致的高分辨率质量分析并行检测所有靶标产物离子，非常适合定量复杂基质中的数十到数百个靶标。 | 在三重四极杆上进行，作为可靠、更常规、靶向相对或绝对定量的金标准，非常适合分析和定量大量样品。 | 分离目标蛋白质所特有的选定肽离子；仅将选定靶标传输到分析器进行检测，无需碎裂，方法设置简单，非常适合定量中等复杂性样品中的数十种蛋白质。 | |
| 每次 LC-MS 的样品量 | 1 | 1 | 1 | 1 |
| 精密度 (%CV) | <5-10 | <5-10 | <5-10 | <5-10 |
| 准确度 | 非常好 | 非常好 | 非常好 | 非常好 |
| 优势 |
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| 缺点 |
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| 工作流程与产品 |
在非标记定量蛋白质组学 (LFQ) 或 TMT 蛋白质组学之间进行选择
为定量蛋白质组学实验选择使用标记或非标记方法，很大程度上取决于几个关键因素：样品大小、时间和成本。
了解现代蛋白质组学研究人员如何努力缩小定性和定量技术之间的差距，确保以高精度和高准确度定量所有已鉴定的蛋白质，从而根据蛋白质的功能和对环境变化的反应获取真实而富有意义的生物学洞察信息。另请参阅一些广受欢迎的定量蛋白质组学工作流程和技术的可视化描述及图表。
缩短样品制备时间，将更多时间用于蛋白质组学研究
Thermo Scientific AccelerOme 自动化样品制备平台，凭借工厂提供的试剂和试剂盒、直观的软件以及独特的实验设计经验，对蛋白质组学样品制备进行变革。